Karol Mossakowski è nato in Polonia nel 1990 da una famiglia di musicisti. Inizia gli studi musicali con il proprio padre e successivamente entre al “Poznań Music Academy” dove studia organo con Elżbieta Karolak e Jarosław Tarnawski. Nel 2011 viene ammesso al “Conservatoire National Supérieur de Musique et de Danse” di Parigi nella classe di interpretazione, studiando con Olivier Latry e Michel Bouvard, e nel 2013 nella classe di improvvisazione, studiando con Thierry Escaich, Philippe Lefebvre e László Fassang, e armonia con Fabien Waksman.
È risultato vincitore di diversi concorsi organistici internazionali: Primo Premio al IVth Feliks Nowowiejski International Organ Competition in Polonia nel 2010, Primo Premio al Prague Spring International Organ Competition nel 2013, Primo Premio e Premio del pubblico al Grand Prix Jean-Louis Florentz Competition ad Angers nel 2015 e il Primo Premio e il Premio del pubblico al Grand Prix André Marchal Improvisation Competition a Biarritz nel 2015.
Nel 2012 ha ricevuto una borso di studio dalla Fondation de France.
Nel 2014-15 è stato Young Artist in Residence presso la Cattedrale di San Luigi a New Orleans (USA) dove ha svolto attività concertistica e didattica.
Nel 2016 si è aggiudicato il Primo Premio ex equo al Grand Prix di Chartres, concorso ritenuto tra i più importanti nel panorama organistico internazionale.